Opdrachten of commando met parameters kunnen vanaf de shell worden uitgevoerd. Iedere opdracht of reeks aan opdrachten start één of meerdere applicaties. Deze voeren de taak uit en geven daarna de prompt? of opdrachtregel weer aan de gebruiker terug. In een script worden de opdrachten in een bestand gezet, die deze volgtijdelijk worden uitgevoerd alsof ze op de opdrachtregel worden uitgevoerd.

Een opdracht ziet er altijd zo uit:

• opdracht - geeft de naam van het commando aan
• -[abcdefghijklmnopqrstuvwxyz] - geeft de opties aan die kunnen worden meegegeven. Het minteken geeft aan dat er eerst een min moet worden meegegeven;
• waarde1 waarde2 - geeft losse parameters aan die kunnen worden meegegeven. Als iets tussen brackets (dat zijn: [ en ] ) staat dan zijn is dit optioneel. Staat dat er niet dan is het verplicht!

Hieronder volgt een lijst met veel gebruikte opdrachten. Achter ieder commando staat een zeer sumiere uitleg, die globaal weergeeft wat de bedoeling van een commando is. Door vervolgens op de link te klikken, komt u bij uitvoerigere informatie die ook uitleg geeft over het gebruik en de mogelijkheden. Naast deze uitleg is er ook per pagina informatie over de man-pagina. De lijst met commando's ziet er zo uit:

• apt? - Tool over dpkg? heen om het update en bijwerken van een systeem geautomatiseerd uit te voeren;
• cat? - Geeft de inhoud van een bestand weer;
• chgrp? - Verander de groep die eigenaar van het bestand (directory of device) is;
• chmod? - Verander de rechteninstellingen van een bestand (directory of device);
• chown? - Verander de gebruiker en eventueel de groep die een bestand, directory of device bezit;
• date? - Bekijk of verander de datum;
• dmesg? - Zie de bericht van het opstarten (om te zien welke modules geladen zijn en welke hardware herkend is);
• dpkg? - Debian Package Management. Een opdracht om de pakketten op een Debian-achtig systeem bij te houden;
• find? - Opdracht om te zoeken op bestanden met zeer uitgebreidde mogelijkheden
• grep? - Doorzoek bestanden op een term;
• hwclock? - Pas de hardwarematige klok aan;
• insmod? - Laadt een module in de kernel;
• kill? - Stop een proces;
• killall? - Stop alle processen met een bepaalde naam;
• last? - Bekijk wie er ingelogd hebben en nog ingelogd zijn op een systeem;
• locate? - Zoek een bestand in een bestandssysteem?;
• ls? - Toon de bestanden op een bepaalde locatie in het bestandssysteem?;
• lsmod? - Toon de modules die in de kernel geladen zijn;
• more? - Toon de inhoud van een bestand en stop de uitvoer als de pagina is vol geladen;
• mount? - Voeg een schijf, externe bron toe aan het (bestandssysteem));
• ntpdate? - Haal de tijd van NTP-servers op en stel die als de huidige in;
• ps? - Toon een lijst van processen die in het systeem actief zijn;
• rmmod? - Verwijder een actieve module uit de kernel;
• rpm? - RedHat Package Manager om pakketten te bekijken, te installeren of juist weg te halen;
• top? - Toon de actieve processen gesorteerd op het beslag dat zij op het systeem leggen;
• touch? - Verander de datum van een bestaand bestand naar nu of maak een leeg bestand aan als het nog niet bestaat;
• umask? - Stel de beveiligingsinstellingen in voor nieuwe bestanden in;
• umount? - Haal gekoppelde directories uit het bestandssysteem en verbreek de verbinding met de bron;
• uptime? - Toont de tijd die verstrekken is sinds het opstarten van het systeem;
• whoami? - Vraagt het systeem als welke gebruiker je bent ingelogd (Who am I?);
• yum? - Applicatie over RPM heen, die ook pakketten kan ophalen en zo geautomatiseerd het systeem kan bijwerken en update