De meeste handelingen voor systeembeheer worden verricht vanaf de Linux shell. Dit is een text-gebaseerde omgeving om opdrachten aan de computer te geven. Deze karaktergeörienteerde omgeving gaat er eigenlijk vanuit dat de gebruiker weet hoe commando's moeten worden gegeven. Iedere Linux-omgeving heeft zo'n shell, zelfs al wordt de computer gestart met een grafische omgeving. Vaak kan de shell dan worden benaderd via een programma als terminal (te vinden in het menu) of door de toetscombinatie CTRL+ALT+F1 in te geven (terug naar de grafische omgeving kom je dan met CTRL+ALT+F7). Andere terminals je dan door te wisselen met CTRL+ALT+F2 t/m F6. Start de computer niet grafisch dan is het een kwestie van inloggen op de computer. In alle gevallen wordt de shell-omgeving dan geladen.

Linux is modulair opgebouwd en dat betekent dat er meerdere shells beschikbaar zijn of geïnstalleerd kunnen worden. De beheerder kan dus kiezen welk systeem gebruikt wordt. Iedere shell-omgeving heeft de eigen specifieke kenmerken, die allemaal voor en nadelen heeft. Sommigen bouwen voort op het werk van de anderen. Voor de opdrachten maakt het allemaal niet veel uit, want de verschillen hebben vooral te maken met de werken van de omgeving (zeg maar het gebruikersgemak). De populairste is momenteel Bash dat staat voor Bourne Again Shell, waarbij er verschillende combinaties mogelijk zijn.

In een tijd waar veel systemen alleen grafisch worden benaderd zal dat voor sommige mensen wel eventjes slikken zijn om aan de slag te gaan met een niet-grafische omgeving. Toch heeft dit wel grote voordelen, want het is eenvoudiger echt controle te houden over processen en veranderingen in een systeem te maken. Natuurlijk zijn de nodige tools wel beschikbaar om in een grafische omgeving beheer uit te voeren, maar dan zijn vaak mogelijkheden beperkt en weet de beheerder niet wat hij of zij doet. Eventjes wennen heeft grote voordelen, zelfs als later nog wordt teruggevallen op grafische tools.

Hoe de prompt eruit ziet Zodra een gebruik zich aanmeldt op het systeem en de shell is geopend komt er ook een zogenaamde prompt (wie vanuit een grafische omgeving een terminal opent is al aangemeldt en op basis van die gebruikersrechten krijgt deze dan een shell. Die ziet er als gewoon gebruiker ongeveer zo uit:

De lay-out kan van systeem tot systeem wat verschillen en is ook instellen_prompt?. Kenmerkend is dat er vaak zal worden gewerkt met een gebruikersnaam (in dit geval brenno) @ en dan de machinenaam (in dit geval de webster). Dit is nuttige informatie, omdat bij beheer vaak met meerdere machines wordt gewerkt en de beheerder dan precies weet op welk systeem je je dan bevindt. Aan het eind staat er een $ die aangeeft dat we hier met een gebruiker te maken hebben. Hebben we het over het bijzondere systeemaccount root?, dan geven we dat meestal aan met #. Het hekje of matje geeft dat aan. Wie twijfelt (omdat de prompt immers kan worden ingesteld) kan altijd terugvallen op het commando whoami? om te controleren welke gebruiker hij of zij nou echt is.